A la primera pregunta no te puedo responder, pues nunca he comprado a Vesalia, pero te puedo comentar un poco de las otras:

Respecto a las diferencias entre una 9250 y una 9250 se, no sé exactamente en que sentido, pero por lo que creo, la SE es peor que la normal... seguramente tendrá capado algo, o la memoria será más lenta, o el núcleo... algo así... vamos, que mejor una 9250 normal.

Sobre lo de la ram: No sé como andará la cosa en el Pegasos 2, pero en el Pegasos 1 (que es el que tengo yo) meter dos módulos de memoria, era una odisea... tiene que ser memoria registrada, y de determinada marca... alguien que tenga peg 2, que te conteste mejor. No obstante, si pretendes utilizar MorphOS, te garantizo que con 512 megas, te sobran 256 ;). Yo tengo ahora mismo 256 megas en mi peg1, y ya con 128 tenía de sobra, lo unico que me pedía 256, era el Quake 3.

Si se trata de utilizarlo con linux... pues entonces ya no sé.